Untersuchung klinisch relevanter Tumor-Gene mittels Next-Generation-Sequencing
Zahlreiche klinische Sequenzierprojekte haben ergeben, dass humane Tumore eine Vielzahl von Mutationen in verschiedenen Genen aufweisen können¹. Darüber hinaus unterliegt die Tumor-DNA stetigen Veränderungen, so können sich beispielsweise unter Therapie Resistenz-Mutationen ausbilden. Diagnostisch nachgewiesene Mutationen bieten mitunter Angriffspunkte für zielgerichtete Therapien, die auf bestimmte Signalwege abzielen²‚³. Der Einsatz von so genannten Tumor-Gen-Panels ermöglicht hier zeitsparend die parallele Untersuchung einer Vielzahl von klinisch relevanten Genen auf Mutationen. Solche Panels unterstützen somit die Weiterentwicklung der Präzisionsmedizin.
Das verwendete sogenannte „Human Clinically Relevant Tumor GeneRead DNAseq Targeted Panel“ basiert auf der Next-Generation-Sequencing-Methode. Dieses Experten-Panel stellt eine Zusammenstellung von für die Behandlung und/oder Prognose bei soliden Tumoren klinisch relevanten DNA-Abschnitten dar. Diese 24 Gene* sind in der folgenden Tabelle gelistet4.
AKT1 | FGFR3 | MET |
ALK | GNA11 | NRAS |
AR | GNAQ | PDGFRA |
BRAF | IDH1 | PIK3CA |
CTNNB1 | IDH2 | PTEN |
DDR2 | KIT | RET |
EGFR | KRAS | STK11 |
ERBB2 | MAP2K1 | TP53 |
* Es werden Teilbereiche der kodierenden Sequenz (i.d.R. des Transkripts des längsten offenen Leserahmens) untersucht. Eine detaillierte Auflistung der enthaltenen Abschnitte wird auf Anfrage gern zur Verfügung gestellt.
Die Panel-Analytik kann an Tumormaterial durchgeführt werden, das im Rahmen der pathologischen Diagnostik asserviert wurde, sogemanntes Paraffin-eingebettetes Gewebe (FFPE-Material). Ausgehend von Schnittpräparaten dieses Materials auf Glasobjektträgern kann der Pathologe Bereiche mit einem hohen Anteil an Tumorzellen anzeichnen, die für die Isolation der DNA in ein Gefäß überführt werden. Mit Hilfe der PCR-Technik und einer Sequenziertechnik, dem Next-Generation-Sequencing-Verfahren, lassen sich dann aus der DNA die spezifischen Gene vermehren und analysieren. Nur das Next-Generation-Sequencing-Verfahren erlaubt die rasche Untersuchung von mehreren Millionen DNA-Basen in wenigen Tagen.
Referenzen
1Weinstein JN et al., Nat Genet. 2013 Oct;45(10):1113-20.
2Jones S et al,. Sci Transl Med. 2015 Apr 15;7(283):283ra53.
3Carr TH et al., Nat Rev Cancer. 2016 Apr 26;16(5):319-29.
